Daftar Pondok Pesantren di Kota Yogyakarta (Tahun 2011)
  1. Al Barokah
  2. Al Hakim
  3. Al Ikhlas
  4. Al Islam
  5. Al Khairaat
  6. Al Luqmaniyah
  7. Ahmad Dahlan
  8. Abu Bakar Ash Shiddiq
  9. Bener
  10. Diponegoro
  11. Darussalam
  12. Fauzul Muslimin
  13. Harun Asy-Syafi'i
  14. Hidayatul Mubtadi'in
  15. Ma'hadul Makfufin
  16. Mu'allimaat Muh
  17. Mu'allimin Muh
  18. Nurul Ummah
  19. Nurul Ummahat
  20. Nyai Ahmad Dahlan
  21. Nurul Ummah Putri
  22. Robingah Prawoto
  23. Siti Khotijah
  24. Terpadu Abu Bakar
  25. Timoho Minhajut Tamyis
  26. Yasma Syuhada'